샷건 시퀀싱(Shotgun sequencing)은 유전체 서열 분석 방식의 하나이다. DNA를 잘게 토막 낸 후 염기서열을 분석한 뒤, 이 서열 자료들을 컴퓨터에 넣으면 서로 겹치는 부분을 컴퓨터가 찾아내어 순서를 짜맞춰주는 방식이다.

가닥 서열
오리지널 AGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTA
1차 샷건 시퀀스 AGCATGCTGCAGTCATGCT-------
-------------------TAGGCTA
2차 샷건 시퀀스 AGCATG--------------------
------CTGCAGTCATGCTTAGGCTA
재구성 AGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTA