두 황제 문제(독일어: Zweikaiserproblem, 그리스어: πρόβλημα δύο αυτοκρατόρων)는 어떤 진정한 황제가 단 한 명뿐이라는 보편 제국의 개념 사이와 종종 두 명(때로는 그 이상)의 사람이 동시에 직위를 주장했다는 사실의 역사적 모순에 대한 역사학 용어이다. 이러한 용어는 주로 중세 유럽과 관련하여 사용되며 특히 콘스탄티노폴리스의 비잔티움 황제와 현대의 독일과 오스트리아의 신성 로마 황제 사이에 어떤 황제가 합법적인 로마 황제를 계승하는지에 대한 오랜 논쟁에서 사용된다.
로마의 보편적인 패권은 서로마가 멸망한 이후 비잔티움 제국이 797년까지 유지하고 있었으나, 797년 콘스탄티노스 6세가 눈이 먼 뒤 폐위되고 그의 어머니인 이리니 황후가 통치를 시작하자 교황 레오 3세는 이리니를 로마의 황제로 인정하지 않고 800년 프랑크인의 왕 카롤루스를 제국의 이전(translatio imperii)의 개념으로 로마의 황제로 선언했다. 카롤루스의 대관식 이후 수 세기 동안 황실 칭호에 관한 분쟁은 신성 로마 제국-비잔티움 관계에서 가장 논쟁적인 문제 중 하나였으며, 이로 인한 군사적 행동은 일어나지 않았으나 이러한 분쟁은 두 제국 간의 관계를 크게 악화시켰다. 이후에 불가리아, 세르비아, 러시아와 오스만 제국 등의 로마의 패권을 주장한 국가들 간에서도 갈등이 일어났다.